Если я правильно понял ситуацию, то Вам нужен дозвол Белорусский универсальный (для прохода транзитом), Литовский универсальный (для растаможки), Литовский для третьих стран (для затаможки) и Российский для третьих стран (для въезда в Россиию из Литвы).
Все дозвола берутся на выходе из Украины.
Российский надо заказывать по тел 0445901087 или 0445901128. Сбрасывать заявку по форме и получать на переходе. Проблема в том, что машина уже вышла из Украины. В таком случае сбрасывайте заявку, а водитель пусть едет на переход и за деньги покупает у СМАПовца дозвол. Но это 50/50. Могут не дать.
Извините, но у меня вызывает сомнение, что Вы ходили уже по такому маршруту, потому что Вы понятия не имеете о дозволах, нет трехсторонних дозволов. У каждого государства свой дозвол. Просто по не знанию вляпались.
А вообще почаще заходите на этот сайт www.smap.gov.ua Там все есть.